Nach alter Überlieferung suchten im Jahre 1427 die Hussiten Schwandorf heim. Im Landshuter Erbfolgekrieg des Jahres 1504 soll ein Großteil der Stadt abgebrannt sein und während des 30jährigen Krieges nahm der Schwedengeneral Baner die Stadt ein. 1796 kam es im französisch-österreichischen Krieg zur Beschießung der Stadt durch die französischen Truppen unter Jourdan.
Als der 1. Weltkrieg bereits zu Ende war, kam es schließlich am Aschermittwoch 1919 zu einer Explosion eines Pulvermagazins im Bereich des heutigen Schützenheims: Eine Tote, etwa 50 Verletzte und ein hoher Sachschaden waren die verheerenden Folgen. Die Ursache wurde nie ganz aufgeklärt.
Schwandorfs schwerste Stunde schlug während des 2. Weltkrieges, als am 17. April 1945 ein britisch-kanadischer Bomberverband den Eisenbahnknotenpunkt bombardierte. Innerhalb von 15 Minuten ging eine Bombenlast von 633 Tonnen auf die Stadt hernieder. Das Bahnhofsviertel sowie das Kreuzberg- und das Lindenviertel wurden weitgehend zerstört. Die Zahl der identifizierten Toten wird mit etwa 1250 angegeben. Eine genaue Zahl ließ sich nicht ermitteln, nachdem die Stadt kurz vor dem Zusammenbruch des 3. Reiches voll von rückflutenden Soldaten, Flüchtlingen und evakuierten KZ-Häftlingen war, die nirgends registriert waren. Es steht sogar die Zahl von 2000 Opfern des Angriffs im Raum. 70 Prozent der Gebäude wurden mehr oder weniger in Mitleidenschaft gezogen, nur etwa 20 Prozent der Anwesen waren unversehrt geblieben. Schwandorf zählte damit zu den am schwersten vom Krieg gezeichneten Städten in Bayern. In beispielhafter Aufbauarbeit wurde innerhalb von 10 Jahren ein Großteil der zerstörten Gebäude wieder errichtet. Man sprach sogar von dem "Wunder von Schwandorf".