Wie bereits anfangs erwähnt, besaß das mächtige Kloster von St. Emmeram in Regensburg in und um Schwandorf umfangreiche Besitzungen. Im Jahre 1286 dürfte Schwandorf bereits mit dem Sitz eines Dekans auch kirchlicher Mittelpunkt gewesen sein. Um 1400 scheint mit dem Bau der heutigen Stadtpfarrkirche St. Jakob begonnen worden zu sein. Ein Pfarrer, ein Gesellpriester, zwei Kapläne, ein Frühmesser, ein Engelmeßkaplan, ein Vikar in Haselbach und ein Vikar in Kronstetten gehörten zur personellen Ausstattung der Pfarrei Schwandorf im Jahre 1423.
Nach dem Neuburger Edikt des Kurfürsten Ottheinrich im Jahre 1542 wurde Schwandorf evangelisch und blieb es bis zur Rekatholisierung durch Herzog Wolfgang Wilhelm im Jahre 1617. Die 1568 errichtete Salvatorkirche wurde beim Bombenangriff am 17. April 1945 schwer beschädigt ebenso wie das evangelische Gotteshaus an der Bahnhofstraße, das fast vollständig zerstört wurde.
Weit vor den Toren Schwandorfs lag früher der Kreuzberg, der inzwischen mitten im Stadtgebiet liegt. Mit dem Bau der Marienkirche auf dem Kreuzberg, die das Stadtbild überragt und entscheidend mitprägt, war im Jahre 1679 begonnen worden. Das Gnadenbild wurde schnell beliebt und ist heute noch ein vielbesuchtes Wallfahrerziel.
Kein so langes Leben wie dem Kreuzbergheiligtum war dem 1685 erbauten Kapuzinerkloster beschieden: Es wurde 1802 mit der Säkularisation aufgelöst.
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